舞浜市に住む高校生のキョウは、自分が中学時代に起こした暴力事件が原因で廃部寸前となった水泳部を立て直そうと必死になっていた。
そんなある日、ミステリアスな雰囲気のシズノ先輩と出会う。
そしてキョウは彼女に呼ばれ、生徒会長のシマが司令を務める戦艦「オケアノス」へと召喚され、人型兵器「ゼーガペイン・アルティール」に乗り、「ガルズオルム」と呼ばれる敵と戦うこととなる。
キョウはゼーガペインの存在する無人の都市群を、ゲーム内の架空世界だと信じ込む。
だが、違和感に気付いたある日、ゲームだと思っていた荒廃した世界こそが現実であり、キョウが高校生活を送る舞浜市のほうが量子コンピューターサーバー内で処理されている仮想空間であることを知る。
生物としての人類は既に滅亡しており、自分も幼なじみのカミナギ・リョーコも「幻体」と呼ばれる人格記憶体であり、コンピューターに保存されたデータでしかないという衝撃の事実を告げられる。